هم‌زمان با پیروزی انقلاب اسلامی که محور اصلی آن قرآن و آموزه‌های قرآنی بود، مدارس و دانشگاه‌های کشور از فقر شدید نیروهای متخصص قرآنی رنج می‌بردند، از طرفی به‌منظور تقویت و گسترش مبانی و پشتوانه‌های علمی، فکری و عقیدتی صحیح و به‌روز؛ و همچنین به‌منظور بهره‌وری مطلوب از موقوفات قرآنی؛ در سال 1361، با عنوان «مدرسه تربیت مدرس قرآن کریم» توسط سازمان اوقاف و امور خیریه در تهران آغاز به کار کرد.

اهداف دانشگاه:

تربیت نیروهای متعهد، مؤمن و توانمند در حوزه علوم و معارف قرآنی در زمینه‌های تدریس، تحقیق و تبلیغ؛

ارائه خدمات علمی فرهنگی به نهادها و سازمان‌های فرهنگی و دینی داخل و خارج از کشور؛

ارتقاء سطح فرهنگ و دانش عموم جامعه در حوزه علوم و معارف قرآن کریم؛

تبادل پژوهش‌های راهبردی قرآنی با مراکز علمی و پژوهشی جهان؛